Joseph Goebbels náci propaganda-miniszterhez hasonlította Tom Cruise-t Guido Knopp neves német történész. A hitleri Németország ismert szakértõje a Bild am Sonntag címû lapban írt cikkében leírta: azután jutott erre a következtetésre, hogy látott egy videófelvételt, amelyen Tom Cruise szónokol híveinek. A négy évvel ezelõtt készült felvételen az amerikai színész fekete ingben, fekete nyakkendõben egy, a Szcientológia Egyház aranyszínû szimbólumával díszített márvány emelvényen áll, mögötte egy hatalmas világtérkép és eképp szólítja meg a tömeget: "Meg kell-e tisztítanunk e helyet?". Mire a tömeg elsöprõ "igennel" válaszol. 1943. február 18-án Goebbels a berlini sportcsarnokban így üvöltött: "Akarjátok a totális háborút?" Mire a tömeg egyhangúlag visszaüvöltött: "Igen". A Szcientológia Egyház azonnal felháborodottan reagált a történész cikkére. "A Bild am Sonntag szégyenteljes módon félreértelmezte Cruise szavait. Õ beszédében köszönetet mondott egy humanitárius kitüntetésért, amelyet az analfabétizmus felszámolása érdekében kifejtett tevékenységéért kapott. A lap durva és felelõtlen állításokat közöl. A német történelem sötét idõszakának propagandájához csak ez a német publikáció hasonlítható."
Tom Cruise amúgy is népszerûtlen Németországban, ahol éles vitákat váltott ki, hogy õ személyesíti meg Claus von Stauffenberg antifasiszta hõst, a Hitler ellen 1944. július 20-án megkísérelt merénylet egyik résztvevõjét. Immár tíz éve folyik a huzavona az L. Ron Hubbard sci-fi író által alapított szervezet és a német hatóságok között.
Németországban ugyanis, az Egyesült Államokkal ellentétben, nem ismerik el egyháznak, szakértõk és a belbiztonsági szolgálatok rendszeresen veszélyes szektának minõsítik. Egy, az Egyesült Államokban is megjelent nem engedélyezett életrajz azt állítja, hogy Cruise immár a Szcientológia Egyház második számú vezetõje, a térítések fõ felelõse. A könyvben foglaltak többségét a szervezet tagadja.